上海科学院成立于1977年11月，和中科院上海分院合署办公。1987年7月经上海市委批准实行独立建制，是公益一类的事业单位。

经过40多年的创新发展，上海科学院先后管理和服务了40余家成员单位，组织力量积极开展科技研发和成果转移转化，承担了大量国家和地方的重大科技项目，积累了一大批科技成果，形成了丰富的科技创新资源。

面向新时代，上海科学院将紧紧围绕上海建设具有全球影响力的科技创新中心战略目标，坚持 科技报国、开拓创新 价值理念，着力打造开放式、集团化发展的科研联合体，组织协调各方科研力量，开展关键核心技术研究和开发，进行前瞻性、储备性应用基础研究，面向中小企业提供高水平科技创新服务，促进创新链和产业链精准对接，加快科技成果转化，不断提升应用技术 策源力 、科技成果 转化力 、高端人才 集聚力 、科研机构 影响力 ，建设成为 国内一流、国际知名 的创新型科研机构。