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新疆生地所在植物抗逆分子育种候选基因研究中获进展

时间:2017-03-29来源:中国科学院

AP2/ERF (APETALA2/ethylene-responsive factor)是一类重要且广泛存在于植物中的转录因子家族,是植物转录因子家族中成员最多的转录因子家族之一。AP2/ERF 超家族在植物响应生物、非生物胁迫和调控植物组织器官发育等过程中发挥着重要的作用,因此,该家族一直是植物抗逆分子育种的理想候选基因。

中国科学院新疆生态与地理研究所研究员张道远团队以沙漠耐干苔藓齿肋赤藓为研究材料,以齿肋赤藓转录组数据库为基础,通过生物信息学方法从齿肋赤藓中共鉴定出80AP2/ERF家族基因。且基于AP2结构域个数、多序列比对、进化树分析和motif预测对80个基因进行明确的亚家族分类,结果表明齿肋赤藓的80AP2/ERF基因包含5AP2亚家族成员、72ERF成员、1RAV基因和2Soloists基因。齿肋赤藓AP2/ERF家族各个亚家族成员基因所占的比例与模式藓类小立碗藓基本一致,但相对被子植物拟南芥来说,齿肋赤藓ERF亚家族成员出现明显扩张,相应的AP2RAV亚家族家族数量变小。对研究最为透彻且抗逆通路中起主导作用的DREB亚家族的分析表明:从齿肋赤藓中鉴定出来的DREB亚家族成员大部分基因属于A-5DREB,且不同DREB基因对苔藓植物特有的干旱复水过程的响应模式不同,大部分A-5类基因主要在复水阶段强烈诱导表达。

该研究首次从苔藓植物中系统全面地对AP2/ERF超家族进行了鉴定和分类,不仅为日后齿肋赤藓中AP2/ERF家族基因的功能分析奠定了良好的基础,同时也为其它苔藓植物AP2/ERF超家族的分类提供了参考。

相关结果以Transcriptome-Wide Identication, Classication and Characterization of AP2/ERF Family Genes in the Desert Moss Syntrichia caninervis 为题发表于《植物科学前沿》(Frontiers in Plant Science期刊上

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